У КМРК богатая история: отсчёт своей образовательной деятельности колледж ведёт с 1 февраля 1952 года. В 2011 году Калининградский морской рыбопромышленный колледж стал структурным подразделением
БГАРФ. Академия же с 1 января 2013 года вошла в состав
КГТУ. Объединение учебных заведений и создание университетского комплекса позволило организовать преемственность образования: учиться в БГАРФ и КГТУ после «мореходки» теперь гораздо проще и быстрее.