Здание было приватизировано в 2003 году, когда между ОАО КДЦ и ООО «Протострой» был заключен договор купли-продажи неоконченного строительства нежилого дома (
готовность 63%), расположенного по адресу: г. Калининград, Ленинский пр., 81А. Учредителем ОАО КДЦ выступили Комитет по управлению государственным имуществом Калининградской области и комитет по управлению имуществом г. Калининграда, а здание Дома Советов являлось его собственностью и составляло его уставной капитал.
Позже Следственный комитет возбудил уголовное дело, в ходе которого установил, что стоимость здания конкурсным управляющим была оценена в размере 7,3 млн рублей, в то время как по заключению строительно-технической экспертизы настоящая рыночная стоимость здания на момент продажи в 2003 году составляла 275 млн рублей. Следствие также установило, что учредительные документы нового собственника Дома Советов — фирмы «Протострой» — являлись поддельными. В частности, генеральный директор на момент заключения договора купли-продажи здания Дома Советов вообще
находился в местах лишения свободы. По этому делу тогда был осужден на два года условно бывший конкурсный управляющий ОАО КДЦ.
В 2005 году администрация экс-губернатора Георгия Бооса начала тяжбы по оспариванию сделки и возвращению Дома Советов в собственность региона, однако они
не увенчались успехом.
Экс-губернатор Антон Алиханов, получивший пост главы региона в 2016 году, неоднократно
заявлял, что после реконструкции хочет перевести в здание областное правительство. В 2019 году региональное правительство
выкупило 85% Дома Советов почти за 400 млн рублей (15% здания и так принадлежали области) у компании «Протострой».
Однако в начале ноября 2020 года Антон Алиханов
заявил, что план реконструкции Дома Советов предполагает его демонтаж до уровня фундамента и даже глубже. Тогда же он
пообещал возродить объект «в несколько ином виде», заметив, что на прилегающей территории не будет «глобальной застройки». Далее колёсики закрутились ещё быстрее, калининградцев пытались убедить, что Дом Советов использовать нельзя. Уже в декабре представители Корпорации развития Калининградской области
презентовали журналистам и блогерам результаты обследования технического состояния Дома Советов (это обследование за 19,7 млн рублей провёл московский «Научно-исследовательский центр „Строительство“»).